Potrivit scripturilor, Ioan Botezătorul a fost ucis în aceeaşi seară, prin decapitare, iar capul său i-a fost dus Salomeei pe o tavă. Trupul lui Ioan Botezătorul a fost dus de susţinătorii săi în oraşul Samaria (azi în Israel), unde a fost îngropat.Se spune că împăratul roman anticreştin Julianus Apostata (360-363) ar fi ars rămăşiţele lui Ioan Botezătorul, împrăştiindu-i cenuşa. Capul ar fi fost salvat şi dus la Alexandria (Egipt), apoi la Constantinopol (Turcia), de unde a fost dus în provincia Poitou (Franţa). Din trup ar mai fi rămas nearse numai un braţ şi un deget.
Iisus şi-a început activitatea publică numai după moartea lui Ioan Botezătorul.Anual, la 24 iunie, se celebrează în lumea creştină naşterea lui Ioan Botezătorul, o mare excepţie făcută în cazul acestuia, întrucât sfinţii şi martirii sunt comemoraţi în ziua morţii lor, considerată a fi ziua naşterii lor pentru Împărăţia Cerurilor.
Cultul său s-a dezvoltat iar Biserica, atât în Răsărit, cât şi în Apus, i-a consacrat câteva sărbători importante: Soborul Sf. Ioan Botezătorul (7 ianuarie), Naşterea lui Ioan Botezătorul (24 iunie) şi Tăierea capului Sf. Ioan Botezătorul (29 august).
Peste două milioane de români poartă numele Sfântului Ioan sau derivate ale acestuia îşi serbează vineri onomastica.
