Despre această mănăstire, închinată Bunei Vestiri a Maicii Domnului, se spune că a fost construită de împăratul Teodosie cel Mare. Aceasta s-a petrecut astfel:
Fiind furtună pe mare și fiul împăratului, Arcadie, călătorind cu o corabie, pe când se afla pe punte, a fost luat de un val și aruncat în mare. După multe căutări zadarnice, cei care îl însoțeau s-au deznădăjduit de a-l mai găsi și, întristați, au tras corabia la un liman care se afla în apropiere, chiar în locul în care se află astăzi mănăstirea.
Când au coborât pe uscat l-au aflat pe copil dormind liniștit sub o tufa de rugi. Plini de bucurie l-au trezit și l-au întrebat cum a ajuns acolo. Atunci el le-a spus că, atunci când a căzut în mare, a văzut o femeie frumoasă, în haine strălucitoare, care l-a luat de mână și i-a spus să nu-i fie frică. După ce l-a scos la uscat, s-a făcut nevăzută. Au înțeles cu toții că a fost Maica Domnului.
Aflând împăratul Teodosie despre toate acestea, s-a hotărât să zidească, drept mulțumire, o mănăstire în cinstea Maicii Domnului. Numele mănăstirii de „Vatopedu" vine tot de la această minune, căci „Vatopedu", în traducere, înseamnă „copilul din tufe".
Pe la începutul secolului al X-lea, mănăstirea a fost distrusă de pirați, iar la anul 972 a fost refăcută de trei ctitori: Atanasie, Antonie și Nicolae. În această mănăstire au viețuit și sunt cunoscuți un număr de patruzeci și trei de sfinți, între care Sfântul Grigorie Palama, Sfântul Nicodim, principele Rațco împreună cu tatăl său, regele Ștefan Nemania (care mai târziu, în călugărie au luat numele de Sava și Simion), Sava cel nebun pentru Hristos, Cuviosul Evdochim, Sfântul Maxim Grecul - luminătorul rușilor, Cozma Etolul, noul cuvios Ioachim și alții.
Mulți împărați bizantini au ajutat Mănăstirea Vatopedu, precum Constantin al IX-lea Monomahul, Mihail al VII-lea, Nichifor Votaniadis, dinastia Comnenilor, Andronic al II-lea Paleologul, Ioan Cantacuzino și alții. De asemenea, au ajutat-o domnii Serbiei și țarii Rusiei. Foarte mult au ajutat-o Voievozii Moldovei și Valahiei, precum Ștefan cel Mare și Sfânt, Neagoe Basarab, familiile domnești Ghica, Cantemir, Mavrocordatu, Calimahi, Moruzi, Ipsilanti și Șuțu.
În această mănăstire, pe lângă multe sfinte moaște, se află și o parte din Brâul Maicii Domnului. Icoanele Maicii Domnului făcătoare de minuni sunt în număr de șapte:
1. Maica Domnului Vimatarisa sau Ctitorita. Această icoană se află în altarul bisericii principale. Despre ea, tradiția spune următoarele:
Prin secolul al X-lea mănăstirea a fost atacată și jefuită de arabi, iar la ceea ce nu au putut lua cu ei, au dat foc. În acel timp, paracliser al mănăstirii era ierodiaconul Sava, care văzând primejdia, a reușit să ia icoana Maicii Domnului și Crucea Sfântului Constantin cel Mare, pe care le-a ascuns în fântâna care se afla în Sfântul Altar, iar în fața lor a pus o lumânare mare, aprinsă. A acoperit apoi fântâna cu scânduri și lespezi de piatră, ca să nu se vadă că acolo s-ar afla o ascunzătoare. Pirații , după ce au prădat mănăstirea și au ucis pe călugării cei mai bătrâni, au plecat, luând cu ei în robie și pe ierodiaconul Sava împreună cu alții mai tineri. După 70 de ani, ierodiaconul Sava a reușit să scape din robie. Dorința lui cea mai mare a fost să se întoarcă cât mai repede la mult iubita sa mănăstire.
Ajungând din nou la Vatopedu, a aflat aici câțiva călugări care reușiseră să refacă ceva din ruinele mănăstirii și viețuiau într-o mică obște, sub ascultarea unui stareț. Privind cu lacrimi în ochi la locul unde se făgăduise Domnului, a întrebat despre odoarele pe care le ascunsese în fântână, dar noii viețuitori nu știau nici măcar că ar exista fântână în Sfântul Altar. Mergând la locul indicat de ierodiaconul Sava, părinții au dat deoparte lespedea de deasupra fântânii și au aflat icoana Maicii Domnului împreună cu Crucea stând drept pe apă, iar lumânarea aprinsă înaintea lor, de parcă atunci ar fi fost puse. Le-au scos cu evlavie și au preaslăvit pe Preabunul Dumnezeu și pe Preacurata Lui Maică, mulțumindu-le pentru aceste mari daruri.
Această icoană se mai numește și „Ctitorita", fiindcă a fost descoperită în timpul celor trei ctitori: Atanasie, Nicolae și Antonie. În amintirea acestei minuni, în fiecare zi de luni seara se cântă de părinții mănăstirii Paraclisul Maicii Domnului.
În legătură cu această icoană se mai spune că, odată, un călugăr era foarte necăjit că nu reușea să înțeleagă cuvintele: „O mie de ani înaintea ochilor Ta sunt ca ziua de ieri..." (Psalmul 89, 4). În acea perioadă, în mănăstire, viețuiau Chirii și Ciprian, foști patriarhi ai Constantinopolului. Fiind Praznicul Bunei Vestiri, pe când patriarhul Chirii se închina la sfintele moaște, călugărul cu necazul se afla în biserică și se ruga Maicii Domnului să-l lumineze să priceapă acele cuvinte. Pe când se ruga, a auzit o voce de la icoana Maicii Domnului, care i-a explicat înțelesul versetului. Plin de bucurie a căzut în genunchi și a mulțumit Preacuratei Fecioare cu lacrimi pentru acest mare dar.
2. Maica Domnului Paramitia (Mângâietoarea). Această icoană a fost pictată în secolul al XIV-lea și se afla în pronaos, pictată pe perete, în fața Paraclisului Sfântului Nicolae, fiind mutată mai târziu în Paraclisul care-i poartă numele.
În timpurile mai vechi era obiceiul ca monahii care ieșeau din biserică dimineața, după terminarea slujbei, să sărute această icoană, iar starețul preda atunci cheile mănăstirii portarului, pentru a deschide porțile mănăstirii. Se spune că, în una din zile, pe când starețul voia să dea cheile portarului, a auzit o voce blândă și rugătoare venind dinspre icoană: „Nu deschideți astăzi porțile mănăstirii, ci urcați-vă pe ziduri și alungați pirații!". Întorcându-se spre icoană, starețul a văzut pe Maica Domnului cu Pruncul Iisus în brațe, fiind ca vie. Apoi a văzut pe Prunc punând mânuța la gura Maicii Sale și zicând: „Maica Mea, nu mai purta grijă de această adunătură de păcătoși; lasă-i să fie trecuți prin sabia piraților, că mult M-au supărat cu păcatele lor". Dar Sfânta Fecioară, luând mânuța Pruncului Hristos de la gura sa, și-a îndreptat capul spre dreapta și a repetat aceleași cuvinte. După terminarea glăsuirii, Născătoarea de Dumnezeu și Preasfântul său Prunc au luat iarăși înfățișarea de icoană, rămânând în acea poziție care se vede până astăzi.
Atunci starețul, mulțumindu-i cu lacrimi Maicii Domnului pentru grija pe care le-o poartă, a urcat împreună cu călugării pe zidurile mănăstirii, alungând pirații care se aflau ascunși pe lângă ziduri și așteptau deschiderea porților. De atunci, în amintirea minunii călugării păstrează mereu o candelă aprinsă în fața sfintei icoane, iar în ziua de vineri se slujește Sfânta Liturghie în cinstea ei și se cântă Paraclisul Maicii Domnului.
În legătură cu această icoană, se mai povestește minunea făcută cu Sfântul Neofit Prosmonarul, care era slujitor în acest paraclis. Odată, fiind trimis de ascultare la metocul din Evvia, s-a îmbolnăvit foarte grav. Văzându-și sfârșitul aproape, s-a rugat cu lacrimi în ochi Maicii Domnului să-l învrednicească să ajungă din nou la Vatopedu și să moară acolo. Pe când se ruga, a auzit o voce zicându-i: „Neofite, du-te la mănăstire și într-un an de zile să fii gata!". Un an mai târziu, după ce s-a împărtășit cu Sfintele Taine, pe când urca scările a auzit din nou vocea Maicii Domnului care venea dinspre paraclisul Preasfintei Fecioare, zicându-i: „Neofite, ceasul plecării tale s-a apropiat!". Mergând la chilie, a simțit că puterile încep să-l părăsească. După ce și-a cerut iertare de la toți frații, și-a dat sufletul în mâinile Maicii Domnului.
3. Maica Domnului Esfagmeni (Înjunghiata). Această icoană se află în naosul Paraclisului Sfântului Dimitrie, fiind pictată în secolul al XIV-lea pe perete. Se spune că într-una din zile, un diacon care era paracliserul bisericii principale, după o priveghere mai obositoare, mai întârziind în biserică, după cum era rânduiala paracliserului, a ajuns mai târziu la trapeză. Trapezarul l-a respins, spunându-i că nu mai are mâncare. Atunci paracliserul, fiind o fire mai iute, s-a umplut de mânie și s-a întors înapoi în biserică. L-a întunecat diavolul atât de mult, încât luând cuțitul cu care curăța ceara de pe sfeșnice, s-a apropiat de icoana Preasfintei și Preablândei Fecioare și i-a zis plin de mânie: „Îți slujesc de atâta timp, iar tu nu te îngrijești nici de hrana mea?". și, ridicând cuțitul, a lovit în chipul cel Preacurat al Sfintei Fecioare, din care a început îndată a curge sânge. În acel moment a intrat diavolul în nefericitul diacon și l-a trântit la pământ, muncindu-l. Auzind țipetele lui, au venit câțiva frați care erau în apropiere și, văzând cele întâmplate, au anunțat pe stareț care, adunând obștea au făcut Priveghere de toată noaptea, rugând-o pe Preasfânta Fecioară să-l ierte pe cel care a îndrăznit să o lovească. După multe rugăciuni, diaconul a fost izbăvit de diavol, iar Maica Domnului i-a descoperit starețului, zicându-i că îl va ierta, dacă va face pocăință. Și a stat diaconul în fața icoanei Maicii Domnului plângând și cerându-și iertare timp de trei ani de zile. După timpul acesta, s-a arătat Maica Domnului starețului și i-a zis:
- Îl iert de fapta lui nesăbuită, dar mâna cu care m-a lovit va rămâne uscată până la sfârșitul vieții lui, iar după moarte, blestemată spre neputrezire.
După ce monahul a murit, trecând o perioadă de câțiva ani și venind timpul să fie dezgropat, după cum este rânduiala în Sfântul Munte, trupul i-a fost găsit putrezit, în afară de mâna cu care lovise chipul Preacuratei Fecioare. Această mână se păstrează până în ziua de astăzi neagră și neputrezită.
În legătură cu această icoană, s-a mai întâmplat o minune cu un preot care, venind în mănăstire să se închine, nu credea că sunt adevărate cele ce se spuneau despre icoană. Întinzând mâna fără de evlavie, a atins locul unde icoana fusese lovită. În acel moment din icoană a început să curgă iarăși sânge, iar preotul a căzut mort chiar în clipa aceea.
4. Maica Domnului Antifonitria (împotrivă Glăsuitoarea). Această icoană este pictată pe perete în pronaosul bisericii principale. Despre această icoană se cunosc următoarele:
După ce împăratul Teodosie a construit mănăstirea și a împodobit-o cu tot felul de odoare de mare preț, fiica lui, Plachidia, în anul 382, a dorit să vină să se închine în acest sfânt locaș făcut de tatăl ei. Fiind primită cu mare cinste de către părinții mănăstirii, a dorit să se închine în biserică. Pe când s-a apropiat de biserică și a vrut să intre înăuntru, a auzit o voce ca de tunet, zicându-i: „Rămâi pe loc și să nu mai cutezi a veni aici de acum înainte. Cum îndrăznești tu, o femeie, să calci în acest loc?". Înfricoșată, Plachidia a căzut în genunchi și a cerut iertare Maicii Domnului. Apoi s-a întors și a plecat din Sfântul Munte. Mai târziu, a construit pe cheltuiala ei un paraclis, lipit de peretele unde se află icoana, paraclis închinat Sfântului Mare Mucenic Dimitrie.
5. Maica Domnului Eleovritissa (Izvorâtoarea de ulei). Această icoană se află în magazia de ulei a mănăstirii și a fost pictată în secolul al XIV-lea. Din locul unde se găsește icoana este adusă în biserica principală, în vinerea din Săptămâna Luminată, când i se face prăznuirea. Despre această icoană, se spune că a făcut multe minuni, atunci când mănăstirea era lipsită de cele necesare.
Într-o vreme, când nu mai era ulei în mănăstire, Sfântul Ghenadie, care era însărcinat cu aprovizionarea mănăstirii, a început să facă economie la ulei, folosind doar pentru nevoile bisericii. Bucătarul s-a dus la stareț și s-a plâns că nu i se dă ulei pentru mâncare. Atunci starețul a poruncit Sfântului Ghenadie să dea ulei pentru nevoile mănăstirii, fără să se îngrijească de lipsa acestuia, căci Maica Domnului nu-i va lăsa și va face milă cu ei. Fericitul Ghenadie a făcut precum i s-a spus.
În una din zile, pe când a intrat în cămară, a văzut că vasele erau atât de pline, încât uleiul curgea pe jos, ajungând până la ușă. Atunci Fericitul Ghenadie a mulțumit Maicii Domnului cu lacrimi pentru această minune și a alergat la stareț, spunându-i de purtarea de grijă a Preasfintei Stăpâne. Atunci starețul i-a zis: „Vezi cât de mult poate ascultarea și credința în Maica Domnului?". De atunci, această icoană are o mireasmă deosebită.
6. Maica Domnului Pirovolitisa (Împușcata).
Această icoană este pictată pe peretele de deasupra porții din exteriorul mănăstirii.
În anul 1822, un grup de soldați turci au ajuns la mănăstire. Unul din ei care era mai mândru, fiind nepotul Pașei, a scos pistolul și a tras în icoana de deasupra porții, făcând o gaură în mâna dreaptă a Preasfintei Fecioare. Dar îndată l-a ajuns pedeapsa lui Dumnezeu, că luându-l diavolii în primire s-a îndrăcit și țipând s-a dus și s-a spânzurat de un măslin aflat în fața mănăstirii. Speriați de cele întâmplate, ceilalți turci au fugit și au povestit toate Pașei, care ascultându-i, a zis: „Lăsați-l neîngropat, ca să fie de învățătură și altora care se vor lega de cele sfinte".
7. Maica Domnului Pantanassa (Atotîmpărăteasa). Această icoană făcătoare de minuni a fost pictată în secolul al XVII-lea și se află pe proschinitarul din stânga al coloanelor de răsărit ale bisericii principale. După spusa Bătrânilor din mănăstire, s-a cunoscut că este făcătoare de minuni din următoarea întâmplare:
Într-o zi, un tânăr a intrat în biserică și a vrut să se închine la icoană. Când s-a apropiat de icoană, chipul Preasfintei Fecioare s-a luminat deodată, iar tânărul a fost aruncat la pământ. Când și-a revenit a povestit monahilor că avea viață necurată și se ocupa cu vrăjitoria. Apoi, căzând înaintea icoanei, și-a cerut iertare cu lacrimi în ochi, făgăduind că își va îndrepta viața, precum a și făcut.
Această icoană mai are și harul de a vindeca cancerul. Foarte mulți bolnavi s-au vindecat după ce au rostit Paraclisul Maicii Domnului înaintea icoanei.
În același proschinitar se mai află o icoană a Maicii Domnului despre care se povestește un lucru minunat:
Cu puțin timp în urmă, un monah tânăr care se află în mănăstire, stând de vorbă cu unul din Bătrânii mănăstirii l-a întrebat:
Părinte, te afli de atâta timp în mănăstire și stai în strana din fața icoanei Maicii Domnului. Te rog să-mi spui și mie dacă a făcut Maica Domnului vreo minune cu sfinția ta sau dacă i-ai simțit prezența și ajutorul ei în vreun fel.
Părinte, a răspuns Bătrânul, am să-ți spun un lucru minunat pe care l-am văzut: într-o zi, stăteam în strana mea și mă rugam, privind la icoana Maicii Domnului. Era în momentul când părinții se închinau, după slujbă, la sfintele icoane. Atunci am văzut icoana Maicii Domnului strălucind și pe Preacurata Fecioară binecuvântând pe călugări. Pe unii îi bine cuvânta, iar pe alții nu. Atunci am înțeles că cei care se închinau fără evlavie și cu mintea împrăștiată nu aveau parte de binecuvântarea Maicii Domnului.
Un lucru de mare valoare care se află în mănăstire este o parte din Brâul Maicii Domnului (Acest brâu este împletit din păr de cămilă de însăși Maica Domnului. Ea a purtat acest brâu și când purta în pântecele său pe Dumnezeu Cel necuprins.). Câtă bucurie pentru noi, păcătoșii, să putem săruta și atinge brâul pe care l-a purtat împărăteasa Cerurilor, Preasfânta și Preabuna noastră Stăpână și mijlocitoarea către Mântuitorul Hristos pentru toți cei care cad la Preacuratele ei picioare și îi cer ajutorul!
De asemenea, se mai află și o parte din Lemnul de viață făcătoarei Cruci a Domnului nostru Iisus Hristos și trestia în care a fost înfipt buretele îmbibat cu oțet. În mănăstire se găsesc sfinte moaște de la aproape 200 de sfinți, între care și capul Sfântului Ioan Gură de Aur, având urechea stângă întreagă. În viața Sfântului Ioan Gură de Aur se spune că, odată, venind ucenicul la Sfântul Ioan în timp ce acesta scria, a văzut un oarecare bărbat stând la spatele său și șoptindu-i la ureche. Privind mai bine, a înțeles că era Sfântul Apostol Pavel, care îl povățuia pe Sfântul Ioan.
Se află aici și capul Sfântului Grigorie Teologul, al Sfântului Mucenic Iacob Persul, al Sfântului Mare Mucenic Mercurie, degetul mare de la mâna dreaptă a Sfântului Ioan Botezătorul, mâna dreaptă a Sfintei Mare Mucenițe Ecaterina și multe alte sfinte moaște.
În prezent Mănăstirea Vatopedu are în jur de 80 de călugări din mai multe țări, între care și 12 monahi români.
Într-o chilie, aproape de mănăstire, se nevoiește părintele Iosif Vatopedinul, care a fost ucenic al Cuviosului Iosif Isihastul. Părintele Iosif se ocupă cu partea duhovnicească a mănăstirii, sfătuind și povățuind pe călugări, majoritatea acestora fiind tineri. Stareț al mănăstirii este părintele Efrem, care a luat conducerea de când mănăstirea a trecut de la forma de viață idioritmică, adică viață de sine, la viața de obște. În scurt timp s-au cunoscut roadele viețuirii de obște.
Pe teritoriul Mănăstirii Vatopedu se află două schituri: Sfântul Dimitrie și Sfântul Andrei. Acesta din urmă a fost rusesc, având cea mai mare biserică din Athos. Acest schit mai este numit și „Sarai", care în turcește înseamnă „palat", fiind numit astfel de turci, datorită mărimii și frumuseții sale. În prezent schitul are în jur de 20 de călugări greci, care sunt veniți de la Mănăstirea Filoteu dimpreună cu starețul lor.